Nederlenderen har ikke funnet formen under Tour de France, men gikk i brudd på den ellevte etappen onsdag.
Opp den første stigningen til Lacets de Montvernier måtte 27-åringen imidlertid slippe bruddet, og senere kom beskjeden om at han hadde brutt etappen – og da også Touren.
– Og det er slutten for Mathieu Van der Poels Tour de France dessverre, skriver Alpecin-Deceuninck på Twitter.
Van der Poel har én etappeseier i Tour de France. Den tok han på den andre etappen av fjorårets utgave, og syklet seg samtidig inn i den gule ledertrøyen.
I april vant Van der Poel monumentet Flandern rundt for andre gang. Han har også fire VM-gull i sykkelcross.