Med sjetteplassen ble Foss den tredje beste sammenlagtrytteren, kun slått av etappevinner Yates og hans egen lagkamerat, Tom Dumoulin, som ble slått av Yates med fire sekunder.
Etter lørdagens etappe er Foss nå nummer syv sammenlagt, 28 sekunder bak sammenlagtleder Mathieu van der Poel.
Foss er 13 sekunder bak Dumoulin og tre sekunder bak Wilco Kelderman (Bora-hansgrohe), som er sammenlagtfavorittene som ligger foran ham i sammendraget etter to etapper av rittet.
24-åringen satt med i feltet inn i bakkeavslutning på første etappe fredag. Søndag venter en flat etappe og det forventes massespurt.
Mandag er det hviledag, mens tirsdag venter en tøff fjelletappe, med avslutning opp Mount Etna.
Van der Poel beholdt trøya
Gårsdagens etappevinner, Mathieu van der Poel, leverte også en glitrende tempo og var nær å ta nok en etappeseier.
På mellomtiden lå han som nummer tre, men hadde mer å gi i den siste bakken opp til mål.
Han maktet imidlertid ikke å slå Yates, men ble nummer to, tre sekunder bak briten.
Dermed beholder han den rosa ledertrøyen i rittet.